Este Tribunal es el encargado de conocer y fallar sobre las faltas a la ética deportiva que pudieran cometer los dirigentes de la Institución o alguno de sus clubes afiliados.

Para que los Presidentes, Vicepresidentes y Presidentes de la Rama de Fútbol de los clubes sean juzgados por el Tribunal de Disciplina, es necesario que este organismo entregue su autorización.

El Tribunal de Honor asesora también al Directorio y el Consejo de Presidentes en diversas materias. Actualmente está integrado por:

• Presidente: Claudio Troncoso Marabolí
• Secretario: Marcelo Forni Lobos
• Eugenio Evans Espiñeira
• Carlos Castro Vargas

Estamento autónomo e independiente del Directorio, tiene facultades para revisar en el aspecto contable la labor de la ANFP, sus organismos y clubes asociados. Para esto cuenta con facultades especiales, que obligan a las autoridades de cada ámbito a proporcionar las facilidades para el cumplimiento de su misión.

Los antecedentes que la entidad conozca en el ejercicio de su función, así como los informes que emita, son de carácter confidencial y sólo tienen conocimiento de ellos el Consejo de Presidentes y del Directorio.