Era el 4 de marzo de 1929 cuando un grupo de jóvenes aficionados decidieron crear el club Independiente de Cauquenes.

Tras un largo pasar en competencias del fútbol amateur de la región, en 1971 fue aceptado en la Segunda División (Primera B) realizando campañas que lo consolidaban en la serie.

Hasta que en el año 1979, comandados por Eugenio Jara, realizaron una gran campaña terminado en la cuarta ubicación. Grandes actuaciones de los brasileños Ribamar Batista y su primo Benedicto Pereira, Independiente clasificó a la Liguilla de Promoción junto a Santiago Wanderers, Audax Italiano y Deportes Arica. Los “Dragones Rojos” no pudieron conseguir el ascenso, siendo la mejor campaña en su historia.

Al año siguiente descendieron a la Tercera División, siendo su última participación en la categoría de plata de nuestro fútbol. Es más, estuvo 26 años jugando en competencias regionales.

En el año 2011 regresó a competir en la Tercera B escalando categorías, hasta que en el año 2016 regresaron al profesionalismo participando en la Segunda División, en el que pertenecen en la actualidad.