El descenso a la Tercera División en el año 1998 significó el fin para Regional Atacama. La capital regional necesitaba un club con la finalidad que a la brevedad los representara en el fútbol profesional.

De ese modo, el 9 de marzo de 1999 nació Club de Deportes Copiapó. Sus primeros años, los jugó en la categoría amateur hasta que en 2002 logró el ascenso a la Primera B, tras golear en el duelo de desempate a Malleco Unido, en duelo disputado en Puente Alto.

Su estreno en el profesionalismo fue ideal, con una goleada por 5-0 frente a Deportes La Serena en el estadio La Portada. El elenco copiapino lograba afirmarse en la categoría, pero sentía la necesidad de aspirar a objetivos mayores.

En 2007, bajo la dirección técnica de Nelson Cossio, Deportes Copiapó estuvo cerca de lograr el ascenso a la Primera División. Liderados por Juan José Ossandon, Francisco Michea, José Yates y Fabián Alfaro, terminaría en la cuarta ubicación con 60 unidades llegando a la liguilla de promoción en un triangular frente a Santiago Morning y Deportes Puerto Montt (este último representante de la Primera División). Los microbuseros conseguirían el pasaje a la máxima categoría.

En los siguientes, el “León de Atacama” no pudo repetir esa campaña e incluso en la temporada 2011 perdió la categoría. Al año siguiente, fue parte de la naciente Segunda División. Pese a terminar en el segundo puesto, logró el retorno a la categoría tras vencer a Deportes Linares.

La otra vez que Deportes Copiapó estuvo cerca de la Primera División fue en la temporada 2019 cuando el equipo dirigido por Héctor Almandoz llegó a la final del octogonal del ascenso, perdiendo frente a Deportes Temuco por 3-2 en el Estadio Nacional.

Por otro lado, su mejor ubicación en la tabla fue en el Campeonato 2017 terminando en el segundo puesto detrás de Unión La Calera, el monarca, aunque en esa oportunidad no le daba chances de optar a una definición por el ascenso.

GRANDES ÍDOLOS

En la historia de Deportes Copiapó destacan jugadores tales como Fabián Alfaro, Jorge Lagunas, Francisco Michea, Wilson Piñones, Roberto Muñoz. Punto aparte en esta distinción aparecen Freddy Munizaga (con 238 partidos jugados en esta camiseta) y Juan José Ossandon goleador histórico en el fútbol profesional con 58 tantos. En cuanto a entrenadores, figuran nombres como Gerardo Silva, Nelson Cossio, Rubén Sánchez y Héctor Almandoz.